Ele teria chegado a Roma através de caravanas de migração lenta pelas costas do mar mediterrâneo, que na época era muito abundante de causa do mar mediterrâneo e o sahara e os dias não tão quente por causa da latitude em torno de 40°. De acordo com Actos apócrifos, atribuídos a Santo Ambrósio de Milão, Sebastião era um soldado que teria se alistado no exército romano por volta de 283 d.C. com a única intenção de afirmar o coração dos cristãos, enfraquecido diante das torturas. Era querido dos imperadores Diocleciano e Maximiano, que o queriam sempre próximo, ignorando tratar-se de um cristão e, por isso, o designaram capitão da sua guarda pessoal, a Guarda Pretoriana. Por volta de 286, a sua conduta branda para com os prisioneiros cristãos levou o imperador a julgá-lo sumariamente como traidor, tendo ordenado a sua execução por meio de flechas (que se tornaram símbolo constante na sua iconografia). Foi dado como morto e atirado no rio, porém, Sebastião não havia falecido. Encontrado e socorrido por Irene (Santa Irene), apresentou-se novamente diante de Diocleciano, que ordenou então que ele fosse espancado até a morte.
Seu corpo foi jogado no esgoto público de Roma. Luciana (Santa Luciana, cujo dia é comemorado a 30 de Junho) resgatou seu corpo, limpou-o, e sepultou-o nas catacumbas.

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